تخرّج د. جابر عبد العزيز في كلية الطب بجامعة الإسكندرية في الإسكندرية، مصر، وأكمل تدريبه بعد التخرج في الجراحة العامة وجراحة الأطفال بمستشفيات جامعة الإسكندرية. ثم تلقّى تدريبًا في جراحة الأطفال بدعم من الهيئة الألمانية للتبادل الأكاديمي في المركز الطبي الجامعي بمدينة ماينتس، ألمانيا. وهو حاصل على درجة الدكتوراه في الطب من جامعة الإسكندرية، وعضوية الكلية الملكية للجراحين في إدنبرة، واعتمادي الاختصاص الألماني في جراحة الأطفال والجراحة العامة.

تدرّج في مسيرته المهنية من طبيب مقيم إلى طبيب أول في جراحة الأطفال بمستشفيات جامعة الإسكندرية، حيث أسهم أيضًا في تعليم طلاب الطب وتدريب الجراحين. وبعد انتقاله إلى ألمانيا، عمل في المركز الطبي الجامعي بمدينة ماينتس، وفي عدد من المستشفيات في لودفيغسهافن وفورمس وفيرنهايم وهايلبرون وبراونشفايغ، قبل أن يتولى مسؤوليات متقدمة في جراحة الأطفال وجراحة المسالك البولية للأطفال بمدينة بادربورن. ويزاول حاليًا عمله في مستشفى هيليوس كلينيكوم زالتسغيتر بمدينة زالتسغيتر، ألمانيا.

تركز ممارسته الإكلينيكية على الجراحات المعقدة للأطفال وحديثي الولادة، ولا سيما جراحة المسالك البولية للأطفال باستخدام التقنيات طفيفة التوغل وإعادة بناء العيوب الخِلقية في المسالك البولية. وأسهم في مستشفيات سانت فينتسنت بمدينة بادربورن في توسيع نطاق خدمات جراحة المسالك البولية للأطفال لتشمل جراحات حوض الكلية والحالب، كما شارك في الرعاية الجراحية للخدّج وحديثي الولادة المصابين بحالات معقدة. وتشمل أبحاثه المنشورة في الدوريات المحكمة إصلاح الناسور الرغامي المريئي لدى حديثي الولادة باستخدام تنظير الصدر.

تولى أدوارًا جراحية متقدمة، وأسهم في تدريب الجراحين الأصغر سنًا وفي تقديم رعاية متعددة التخصصات للأطفال في مصر وألمانيا. وتشمل عضوياته المهنية الجمعية الدولية لأورام الأطفال، والجمعية الألمانية لجراحة الأطفال، والجمعية البريطانية لجراحي الأطفال، والجمعية المصرية لجراحة الأطفال، والمجموعة الدولية لجراحة الأطفال بالمناظير، والجمعية الطبية البريطانية.